Насильство, розстріли, переслідування підсилювали незадоволеність і протест населення. У другій половині листопада 1918 р. почалося настання повстанських загонів проти гнімецько-австрійских загарбників. У місто вступили партизанські загони повстанців сіл Анчекрак (нині Кам'янка) і Парутине. На мітингу трудящих було проголошено відновлення Радянської влади, над будівлею колишньої управи знову злетів червоний прапор.
Але на зміну німецько-австрійским окупантам незабаром прийшли війська Антанти. На початку грудня 1918 р. в Одесі і Севастополі висадилися греко-французскі інтервенти. Їх кораблі увійшли до Дніпровського лиману і висадили війська, які окупували Очаків. Контрреволюційно настроєні колишні офіцери царської армії, що проживали в місті на положенні приватних осіб, вступили в бригаду генерала Тімановського, яка підкорялася ставленикові Деникіна генералові Грішину-Алмазову, що знаходився зі своєю ставкою в Одесі. Від їх рук загинули багато підпільників. Для відновлення підпілля Одеський обком партії відряджав до Очакова більшовиків - спочатку С. І. Соколовську, а потім Т. П. Федорова. Підпільники вели революційну агітацію в місті і частинах гарнізону, надавали допомогу партизанам сіл Анатоліївка, Куцуруб, Парутине.
30 березня 1919 р. частини 1-ої Задніпровської стрілецької дивізії, розвернувши наступ проти інтервентів і білогвардійців на Чорноморському побережжі, вигнали з Очакова греко-французских інтервентів і білогвардійців. У звільненні міста брали участь Парутинський партизанський загін на чолі з А. Е. Худенко і повстанським полком робочих Миколаєва, яким командував Н. А. Васильєв. Бій за місто був дуже важким. Тільки загін моряків, що бився за Очаків, втратив 300 бійців. Відступаючи з Очакова, білі і окупанти відвезли все цінне устаткування з фортеці, вигнали всі плавзасоби, вивели з ладу близько 150 фортечних гармат, підірвали крупний склад морських мін загородження біля карантинної пристані і артилерійський склад на острові Березань. Місто сильно постраждало від вибухів. З травня 1919 р. Очаків знаходився під постійним артилерійським обстрілом військових кораблів Антанти, що стояли за Кінбурнською косою і в Тендрівській затоці.
Враховуючи важливе значення Очакова як береговій фортеці, що прикриває з моря міста Миколаїв і Херсон, Реввоєнрада 3-ої Української радянської армії призначила одного з видних борців за владу Рад на півдні М. І. Чижикова військовим комісаром міста. З місцевих добровольців організували батальйон, що мав на озброєнні дві польові гармати і кулемети. Була відновлена 3-гарматна батарея 6-дюймових морських гармат.
